Bei der Auswahl gilt es als erstes das Ziel zu definieren, welches mit der Zwischenfrucht erreicht werden soll. So können gewisse Kulturen als Zwischenfutter eingesetzt werden, andere dienen gänzlich als Gründüngung und werden wieder dem Boden zugeführt.
Keine Zwischenkultur aus derselben Pflanzenfamilie wie die Hauptkultur wählen
Wichtig zu beachten ist, dass mit einer Zwischenfrucht über die ganze Fruchtfolge hinweg keine Probleme kreiert werden. Dies kann die Übertragung von Krankheiten und Schädlingen, sowie Durchwuchs sein. Deshalb empfiehlt es sich selten, eine Zwischenkultur aus derselben Pflanzenfamilie wie die Hauptkultur zu wählen.
Auflaufgeschwindigkeit ist ein wichtiges Kriterium
Um das Unkraut wirksam zu unterdrücken, verbleibenden Nährstoffe zu binden, eine grosse Menge an organischer Substanz zu bilden und einen verlässlichen Erosionsschutz zu erreichen, ist die Auflaufgeschwindigkeit ein wichtiges Kriterium.
Obwohl eine blühende Zwischenfrucht die Landschaft aufwertet, sollte auch die Samenbildung nicht ausser Acht gelassen werden. Das Versamen kann mit einem Mulchdurchgang nach der Blüte und ausserhalb des Bienenflugs vermieden werden. Falls Durchwuchs in der Folgekultur vorkommt und Schwierigkeiten darstellt, lohnt es sich die Winterhärte der Mischung und deren Komponenten zu beachten.